El Fideicomiso Yasuní-ITT tiene un Comité Directivo y una Secretaría Técnica.

El Comité Directivo define los proyectos a financiarse, que serán ejecutados por el Estado ecuatoriano bajo los lineamientos del Plan Nacional para el Buen Vivir, y está conformado por tres representantes del Estado ecuatoriano, dos representantes de los contribuyentes y un representante de la sociedad civil.

La Secretaría Técnica proporciona información sobre los proyectos a seleccionarse, y además monitorea y evalúa su ejecución.